Первоначально планировалось, что Росрыболовство будет находиться в ведении Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, однако уже 30 мая 2008 г. издаётся Указ Президента № 863, которым руководство Росрыболовством было поручено непосредственно Правительству РФ.

Постановлением Правительства РФ от 11.06.2008 № 444 утверждено Положение о Федеральном агентстве по рыболовству.

Росрыболовство является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции:

• по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере рыболовства, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота, охраны, рационального использования, изучения, сохранения, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, за исключением водных биологических ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения и занесённых в Красную книгу Российской Федерации;

• по контролю и надзору за водными биологическими ресурсами и средой их обитания во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод Российской Федерации, а также Каспийского и Азовского морей до определения их правового статуса;

• по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, охраны, рационального использования, изучения, сохранения, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также рыбоводства (за исключением промышленного рыбоводства), рыбопереработки, обеспечения безопасности мореплавания и аварийно-спасательных работ в районах промысла, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота и в морских портах в части, касающейся обслуживания судов рыбопромыслового флота.

Руководитель Агентства

Распоряжением Правительства РФ от 12.06.2008 № 842-р руководителем Росрыболовства назначен Андрей Анатольевич Крайний.